Karena aktivitas politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas di luar Indonesia sejak kelas tiga. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, mendorongnya memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas terkemuka di Amerika, meskipun ia memiliki prestasi tinggi di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek Presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh dinas intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai penyunting majalah sekolah. Menariknya, saat itu Prabowo adalah satu-satunya murid Indonesia di sekolahnya.
